este nivel incluye documentación de carácter normativo para la adaptación de las reglamentaciones generales al gobierno de las misiones en su especificidad, la elaboración periódica de relaciones de naturaleza descriptiva e informativa sobre el estado de las misiones y las tareas realizadas, y documentación de tenor administrativo y contable relativa, por ejemplo,a la adquisición de bienes para las misiones o a los gastos de los traslados del Prefecto por las distintas regiones con reducciones. Dada las características del circuito documental, algunas de las series (Correspondencia y Copias para archivar) refieren a la documentación que la prefectura recibía proveniente de las misiones a su cargo y que debían ser guardados en el Archivo de la Prefectura existente en el Colegio San Carlos, en la cual los Superiores informaban al Prefecto sobre el crecimiento demográfico del poblado y estado económico del mismo, entre otras cuestiones, informes que luego éste elevaba a su vez a las autoridades nacionales.
Series documentales:

• Normativa
• Correspondencia
• Informes
• Economía y gestión
• Crónicas
• Copias para archivar
• Antecedentes de la Administración de Reducciones de Indios

unidades documentales compuestas (expedientes) y simples que dan cuenta de las gestiones en la administración de las ex misiones jesuíticas por parte de varias autoridades coloniales implicadas en tal función. La serie contiene expedientes iniciados por peticiones formales elevadas por los administradores de indios (Joseph Theodoro Larramendi, Dn. Francisco Antonio de Vera) y resueltas mediante autos y decretos por la Junta Municipal de Temporalidades, presidida por Juan Francisco de Riba Herrera. También se encuentran oficios del virrey respecto a algunas reducciones, acuerdos celebrados por miembros del Cabildo de Justicia y Regimiento de Santa Fe e inventarios de las reducciones heredadas. En algunos de dichos procesos administrativos interviene también Melchor de Echagüe y Andías, Sargento Mayor de las Misiones Urbanas de la ciudad de Santa Fe de la Veracruz.