cumpliendo con el mandato mencionado en los evangelios de dar a conocer, mediante la predicación, la Buena Noticia de la salvación de todos los hombres a través de la aceptación de la figura y del sacrificio de Jesús y respondiendo a lo ordenado, en acto vasallático, por la Corona Hispánica de encargarse de la evangelización de los territorios gobernados por la monarquía es que se instalan en América los Colegios de Propaganda Fide. El deber de proclamar la fe es intrínseco a la fundación de la mencionada institución, habiendo sido San Francisco de Asís quien comprendiera que la imitación más perfecta del Señor sería la práctica de la predicación misional que siguió tres modalidades para su aplicación en América: el apostólico o evangélico, el posbélico y el protegido. La primera consistió en la acción de evangelizar sin la necesidad de contar con hombres armados ni otro agente externo, la segunda refiere al inicio de la mencionada labor una vez sometido, con el uso de armas, el campo misional y el último alude a la portación y uso de armas solo para custodiar y asegurar al misionero durante las salidas.
En los Colegios para la Propagación de la Fe, la mencionada labor debía ser dirigida por un Prefecto de Misiones, que se renovaba luego de un período de seis años, mediante elección canónica en un Capítulo realizado específicamente para tal fin, celebrado por los religiosos vocales que son todos los sacerdotes que han cumplido un año en el Colegio y que están legítima y capitularmente congregados con un Presidente a la cabeza de la reunión (quien puede definir, de acuerdo a las Bulas Inocencianas, en caso de paridad de votos entre los candidatos).
Era el Prefecto quien seleccionaba a los frailes asignándoles un destino específico para evangelizar, siendo el prelado inmediato de todos los religiosos que estaban en las “conversiones de infieles”, a quienes visitaba frecuentemente para vigilar el cumplimiento de las leyes conforme a lo estipulado por el Breve Apostolicae Sedes, pudiéndolos trasladar de una a otra con el permiso del Discretorio -cuerpo colegiado al cual él mismo pertenecía por su cargo-. El Prefecto gobernaba a los religiosos cuando estos estaban dedicados al ejercicio de la actividad misionera, pero no en sus vidas religioso-regulares dentro del Convento porque en este aspecto quedaban bajo la jurisdicción del guardián. Su cargo dependía directamente de la Sagrada Congregación de Propaganda Fide, pero debía dar cuenta de todo lo que hacía al Colegio, al Guardián y a los Discretos, elevando todos los años una relación (informe) en las que dejaba asentados los sucesos más importantes de su periodo de gestión.
Este responsable debía residir en el territorio de su jurisdicción y podía designar un vice-Prefecto para todas las misiones que él no pudiera atender delegando todas sus facultades. Los Prefectos podían elegir el asiento de su prefectura en las distintas misiones según lo consideraran necesario, tal como lo hiciera, por ejemplo, Fr. Vicente Caloni en 1879 en Santa Rosa de Calchines.

Listado de Prefectos
1794 Fr. Ramón Redrado
1801 Fr. Thomas Orio
1809 Fr. Juan Antonio Jorge
1815 Fr. Pedro García
1821 Fr. Francisco Arellano
1822 Fr. Francisco Viaña
1825 Fr. Pedro Nolasco Montero
1855 R. P. Constancio Ferrero
1861 R. P. Antonio Rossi
1867 R. P. Rafael Pezzini (Bernardo Arana interino)
1873 R. P. Antonio Rossi
1877: Fr. Vicente Calloni (son múltiples las fuentes que citan la asunción de Caloni en 1879)
27-05-1879 R. P. Vicente Caloni
1886 Fr. Hermete Costanzi
1886-1891 Fr. Ignacio Riccioni (según Pinillos-Cayetano Bruno)
1892 Fr. Vicente Calloni
1898 Fr. Pedro Iturralde
1904 Fr. Mauricio Castaldi
1910 Fr. Buenaventura Giuliani
1914 Fr. Enrique Giurnacini
1912-1916 R.P. Rafael Gobelli

los conversores que partían desde San Lorenzo ejercieron la actividad pastoral como un pilar fundamental de la labor misionera, la cual estaba regulada de acuerdo a los Estatutos Municipales y los Ceremoniales de Misiones. Para el correcto funcionamiento de las misiones se debía disponer de la permanencia en ellas de dos frailes, un sacerdote y un lego, a quienes le correspondía ocuparse del establecimiento de una escuela “de primeras letras” para la instrucción de los niños en la lectura, escritura y lo sustancial de los dogmas católicos con la finalidad de alcanzar la aculturación del indígena. Por otra parte, dentro del espacio territorial misional se buscaba alcanzar la sedentarización de las poblaciones indígenas para facilitar la producción de insumos que permitiera abastecerlos y obtener excedentes para la comercialización en la región garantizando así la supervivencia de la misión.

El trabajo misionero del Colegio San Carlos comenzó con la toma de posesión de las antiguas misiones jesuíticas San Javier, San Jerónimo del Sauce y Jesús Nazareno de Espín, que habían quedado a cargo primero de los mercedarios, y posteriormente del Administrador de Pueblos de Indios, luego de la expulsión de la Compañia de Jesús de los territorios de la monarquía hispánica en 1767.

Durante el periodo independentista y en las décadas política y socialmente convulsionadas que le sucedieron, la actividad misional sufrió retrocesos, el número de religiosos del Colegio disminuyó y algunas misiones fueron abandonadas. En la segunda mitad del siglo XIX, y a partir de la llegada de una nueva colectación de frailes provenientes de Italia en la década de 1850, la actividad cobró un nuevo impulso. Esto se relacionó, a su vez, con que el Estado nacional en proceso de consolidación buscó avanzar gradualmente sobre las tierras ocupadas por poblaciones indígenas que fueron destinadas exclusivamente a la instalación de las misiones. La implementación del proyecto misional fue una de las herramientas a la que recurrieron las autoridades civiles para concretar tal objetivo. Es en dicho contexto que el rol de los religiosos franciscanos en la “acción civilizadora” se manifestó como un elemento primordial y estratégico de colonización de las “fronteras” en el norte y centro del país, entendiéndose a la instalación de los focos misionales como una garantía para alcanzar el perfeccionamiento moral del indígena, su incorporación a la Nación Argentina y el progreso social de los pueblos.

Las misiones comenzaron a perder relevancia estratégica en la medida que fueron apareciendo nuevos núcleos poblacionales gracias al mejoramiento de los accesos a las regiones hasta entonces ocupadas por los indios y ante el avance de los grupos de colonos que reclamaban más tierras a través del traslado de las reducciones, situación que encontramos reflejada en documentos del Archivo en los que se exponen las demandas de “los habitantes blancos” de Santa Rosa de Calchines a mediados del siglo XIX. Estos sectores, a menudo en connivencia con las autoridades civiles, se manifestaron en favor de la desaparición del sistema misionero en pos de la secularización del mismo utilizando como argumentación que la aculturación del indio había concluído. La mencionada situación empezó a manifestarse tempranamente en algunas misiones más antiguas a fines de la década de 1850 y se incrementó progresivamente hasta que a mediados del siglo XX todas las reducciones pasaron a depender exclusivamente del Gobierno, procediendo a su secularización y pasándolas a la categoría de parroquia. Así es como, convertidas en una nueva institución jurídica, podían permanecer bajo el dominio de los franciscanos devenidos en párrocos de indios o ser entregadas al clero secular.

Este proceso es ejemplificable mediante la entrada hallada en el “Libro 2° de Acuerdos y Elecciones del Ven. Discretorio de este Appco. Colegio de Propaganda Fide de S. Carlos”, referente a la entrega de la reducción de San Gerónimo del Sauce en 1874, donde tras la reunión discretorial se asienta que “Harían 20 años que dicha Reducción había pasado bajo la jurisdicción del R. P. Prefecto de Misiones de este Colegio, y, según los informes dados por el actual, hallábase ya en el caso previsto en las Bulas, para ser entregada como beneficio parroquial a la jurisdicción del Ordinario, puesto que los indígenas se encontraban suficientemente civilizados y instruidos en Religión. Por lo que de unánime consentimiento se acordó su entrega al señor Obispo de la Diócesis, con el cual el R.P. Guardián se comprometería a hacer atender por algún tiempo aquellos nuevos fieles, si por falta de sacerdotes no pudiese S.Ilma. enviar desde luego un Capellán o Cura para que los atendiese.”