Historia Institucional: en el año 1808 se incorporó a la comunidad de frailes un hermano lego venido de Chile y llamado Manuel del Carmen Peña, quién había incursionado en la docencia. El Guardián le encomendó por entonces la instrucción de las primeras letras y de la doctrina cristiana a los hijos de Don Mateo Fernandez, quién se desempeñaba como Síndico del Colegio. Los habitantes del poblado que se levantaba en torno al Convento, enterados de este hecho, solicitaron al Guardián que permitiese la asistencia de sus hijos a la residencia de los frailes para que Fr. Peña impartiera la enseñanza. Dada la inexistencia de una institución de enseñanza en la zona (la escuela del Fuerte Sancti Spíritu había sido destruida por los indígenas y la otra escuela comunal estaba en la Villa del Rosario) los frailes se reunieron en Discretorio para deliberar la posibilidad de dar respuesta a los reclamos. El 19 de diciembre de 1810, tal como lo expresa el acta fundacional, todos los Padres Discretos reunidos consintieron de forma unánime para que se admitiera la asistencia a la residencia de los frailes de los hijos de los vecinos de la campaña que deseasen instrucción.
En sus inicios, la escuela no contaba con un espacio propio sino que funcionaba en una celda conventual. Asistían alumnos de ambos sexos a aprender a escribir, leer, contar y la doctrina cristiana, aunque lo hacían de forma separada los varones de las niñas, bajo una misma dirección.
El aumento de la demanda dado el crecimiento poblacional de la zona derivó en la mudanza del sitio destinado a la enseñanza en varias ocasiones. Por un tiempo funcionó al sur del Templo Conventual, luego en el sitio inicial tras una ampliación, en 1888, en un salón de mayores dimensiones en anchura, altura y techo cubierto de tejas francesas. Durante todo su crecimiento la escuela funcionó utilizando la metodología de la época y la didáctica de entonces. En 1899, no pudiendo postergarse más la ampliación del edificio, se proyecta uno destinado a la escuela. Dicha construcción sería “monumental” en recuerdo del Combate del 3 de febrero de 1813. En 1906, mediante una nota de visita canónica el Comisario Ludovico Quaranta recomendó levantar un nuevo edificio para la escuela fuera de la clausura. Por este motivo, se fundó la “Comisión Pro Obra Monumental Escuela San Carlos”, que estuvo en funcionamiento durante casi una década con su propia estructura organizativa, con el objetivo de juntar fondos y organizar la construcción del edificio.
Así es que el 19 de diciembre de 1910 se instala la piedra fundamental y el 3 de febrero de 1911, se comienza con los trabajos de edificación. Con partidas de dinero provenientes de la Orden Franciscana, de donaciones de los vecinos y de ex alumnos, se hizo frente a los gastos demandados por la obra. En el mes de febrero de 1913, aún sin terminar, se inauguró la que se denominó: “Escuela monumental en recuerdo de la acción del 3 de febrero de 1813”.
Acorde al reglamento interno de la Escuela San Carlos de 1921, Art N° 1, el fin de la Escuela era educar a sus alumnos proporcionándoles la instrucción primera comprendida en los seis grados elementales, con sujeción al programa oficial de las Escuelas de la Provincia, teniendo por base de la enseñanza los principios de la Iglesia Católica mediante los cuales buscaron a su vez propiciar vocaciones para la propia Orden entre los alumnos.
Durante la primera mitad del siglo pasado, el edificio de la escuela San Carlos fue el centro social y cultural de la comunidad de San Lorenzo. En su salón central se realizaron obras de teatro, reuniones sociales, recepciones a personalidades que visitaban la ciudad, actos públicos, al tiempo que oficiaba de cine. Su edificio fue cedido en 1949 para que se estableciera el primer colegio secundario, el Colegio Nacional “San Lorenzo”, que funcionó allí hasta lograr su casa propia en 1955. Poco después, en 1958, se dio fundación al Instituto Secundario “San Carlos”, por pedido de los padres de los alumnos de la escuela primaria. En 1967, surge la Escuela Especial Nº 1104 “Santa Mónica”, como aula radial de la Escuela San Carlos para la educación de niños con diferentes necesidades educativas por padecer alguna discapacidad. También en 1964, acompañando el crecimiento industrial de la zona, se abre a los jóvenes de San Lorenzo y alrededores la Facultad Católica de Química “Fray Rogelio Bacon”, anexa a la Pontificia Universidad Católica Argentina. Dicha facultad funciona hoy en la ciudad de Rosario. El día 6 de octubre de 1971 pasó a ser un colegio mixto. En 1973, comienzan los cursos regulares del Bachillerato para Adultos, nocturno, de carácter provincial que funciona en el local escolar hasta 1977.

Historia Archivística: la documentación fue encontrada, en su gran mayoría, dentro de cajas rotuladas con carpetas y sobres con índices referidos a los ítems que contienen. En ocasiones el material no coincide totalmente con las referencias. Durante el siglo XIX, al funcionar dentro de las instalaciones del convento, la documentación que refiere a las actividades educativas de niños laicos queda imbricada en el flujo documental del resto de la institución conventual y sus órganos de gobierno y administración. Es por eso que la presente subsección contiene documentación a partir de principios del siglo XX, momento en que se comenzó a construir el nuevo edificio documental donde se encuentra alojada la institución hasta hoy en día. A partir de la década de 1950 aproximadamente, la documentación referente a la Escuela San Carlos dejó de estar albergada en el Convento para comenzar a guardarse en el edificio actual de la misma en calle Belgrano 480, ciudad de San Lorenzo.