cumpliendo con el mandato mencionado en los evangelios de dar a conocer, mediante la predicación, la Buena Noticia de la salvación de todos los hombres a través de la aceptación de la figura y del sacrificio de Jesús y respondiendo a lo ordenado, en acto vasallático, por la Corona Hispánica de encargarse de la evangelización de los territorios gobernados por la monarquía es que se instalan en América los Colegios de Propaganda Fide. El deber de proclamar la fe es intrínseco a la fundación de la mencionada institución, habiendo sido San Francisco de Asís quien comprendiera que la imitación más perfecta del Señor sería la práctica de la predicación misional que siguió tres modalidades para su aplicación en América: el apostólico o evangélico, el posbélico y el protegido. La primera consistió en la acción de evangelizar sin la necesidad de contar con hombres armados ni otro agente externo, la segunda refiere al inicio de la mencionada labor una vez sometido, con el uso de armas, el campo misional y el último alude a la portación y uso de armas solo para custodiar y asegurar al misionero durante las salidas.
En los Colegios para la Propagación de la Fe, la mencionada labor debía ser dirigida por un Prefecto de Misiones, que se renovaba luego de un período de seis años, mediante elección canónica en un Capítulo realizado específicamente para tal fin, celebrado por los religiosos vocales que son todos los sacerdotes que han cumplido un año en el Colegio y que están legítima y capitularmente congregados con un Presidente a la cabeza de la reunión (quien puede definir, de acuerdo a las Bulas Inocencianas, en caso de paridad de votos entre los candidatos).
Era el Prefecto quien seleccionaba a los frailes asignándoles un destino específico para evangelizar, siendo el prelado inmediato de todos los religiosos que estaban en las “conversiones de infieles”, a quienes visitaba frecuentemente para vigilar el cumplimiento de las leyes conforme a lo estipulado por el Breve Apostolicae Sedes, pudiéndolos trasladar de una a otra con el permiso del Discretorio -cuerpo colegiado al cual él mismo pertenecía por su cargo-. El Prefecto gobernaba a los religiosos cuando estos estaban dedicados al ejercicio de la actividad misionera, pero no en sus vidas religioso-regulares dentro del Convento porque en este aspecto quedaban bajo la jurisdicción del guardián. Su cargo dependía directamente de la Sagrada Congregación de Propaganda Fide, pero debía dar cuenta de todo lo que hacía al Colegio, al Guardián y a los Discretos, elevando todos los años una relación (informe) en las que dejaba asentados los sucesos más importantes de su periodo de gestión.
Este responsable debía residir en el territorio de su jurisdicción y podía designar un vice-Prefecto para todas las misiones que él no pudiera atender delegando todas sus facultades. Los Prefectos podían elegir el asiento de su prefectura en las distintas misiones según lo consideraran necesario, tal como lo hiciera, por ejemplo, Fr. Vicente Caloni en 1879 en Santa Rosa de Calchines.

Listado de Prefectos
1794 Fr. Ramón Redrado
1801 Fr. Thomas Orio
1809 Fr. Juan Antonio Jorge
1815 Fr. Pedro García
1821 Fr. Francisco Arellano
1822 Fr. Francisco Viaña
1825 Fr. Pedro Nolasco Montero
1855 R. P. Constancio Ferrero
1861 R. P. Antonio Rossi
1867 R. P. Rafael Pezzini (Bernardo Arana interino)
1873 R. P. Antonio Rossi
1877: Fr. Vicente Calloni (son múltiples las fuentes que citan la asunción de Caloni en 1879)
27-05-1879 R. P. Vicente Caloni
1886 Fr. Hermete Costanzi
1886-1891 Fr. Ignacio Riccioni (según Pinillos-Cayetano Bruno)
1892 Fr. Vicente Calloni
1898 Fr. Pedro Iturralde
1904 Fr. Mauricio Castaldi
1910 Fr. Buenaventura Giuliani
1914 Fr. Enrique Giurnacini
1912-1916 R.P. Rafael Gobelli