es la producción documental de la estructura orgánica superior de la institución. Representa la mayor parte del volumen documental del fondo por ser testimonio de una de las actividades más elementales en el desempeño institucional, por tener injerencia preponderante en la gestión y la responsabilidad última en el funcionamiento y cohesión institucional. Es el encargado del flujo documental interno/externo reflejado a través de normativas, correspondencia, comunicaciones, informes, actas y la documentación que expresa la gestión del personal humano.

este nivel incluye documentación de carácter normativo para la adaptación de las reglamentaciones generales al gobierno de las misiones en su especificidad, la elaboración periódica de relaciones de naturaleza descriptiva e informativa sobre el estado de las misiones y las tareas realizadas, y documentación de tenor administrativo y contable relativa, por ejemplo,a la adquisición de bienes para las misiones o a los gastos de los traslados del Prefecto por las distintas regiones con reducciones. Dada las características del circuito documental, algunas de las series (Correspondencia y Copias para archivar) refieren a la documentación que la prefectura recibía proveniente de las misiones a su cargo y que debían ser guardados en el Archivo de la Prefectura existente en el Colegio San Carlos, en la cual los Superiores informaban al Prefecto sobre el crecimiento demográfico del poblado y estado económico del mismo, entre otras cuestiones, informes que luego éste elevaba a su vez a las autoridades nacionales.
Series documentales:

• Normativa
• Correspondencia
• Informes
• Economía y gestión
• Crónicas
• Copias para archivar
• Antecedentes de la Administración de Reducciones de Indios

está conformada por toda la documentación generada por los miembros terciarios en sus respectivas funciones (directivas, administrativas, etc.), viéndose plasmadas en tipologías documentales tales como libros de actas (elecciones de las autoridades y de actas capitulares), libros de vesticiones y profesiones, libros de caja, libros de recepción de hábito y profesión, correspondencia, declaraciones realizadas por los aspirantes al ingreso, documentación de carácter jurídico como ser escrituras. También se encuentra el Libro en que se exponen los medios y arbitrios que se han practicado en el Colegio para formalizar en cuerpo político la Tercera Orden de Penitencia inaugurado por su primer rector Fr. Tomás Orio y continuado por sus sucesores y demás autoridades hasta el año 1826. El libro número uno de recepción de hábito y profesiones se inició en 1801 y en él se indican los novicios y padrinos, lugar de procedencia y edades.

la documentación corresponde a tres ámbitos de la vida parroquial: las actividades y funciones del párroco (plasmada principalmente en correspondencia e informes elevados al superior diocesano), las actividades administrativas y económicas necesarias para la acción pastoral (inventarios, comprobantes varios de compra de ornamentos litúrgicos, ingresos y egresos, etc.) -a veces realizadas por el párroco y otras veces por el procurador o vicario del Convento-, y la actividad de diferentes organizaciones laicas que tenían a la parroquia como sede principal, como lo fue por ejemplo la Acción Católica Argentina a partir del año 1920.

la sección contiene la producción documental que elaboran los padres discretos en el cumplimiento de las siguientes funciones: obligación de redactar los libros de normativas litúrgicas o de actos de culto (libros de ceremoniales), los de reglas que determinan el accionar de los individuos de la Orden al salir a misionar (ceremonial de misiones), los de las normas generales adaptadas a la realidad del colegio misionero local (estatutos municipales), así como las actas de los capítulos en las que se asientan los acuerdos, disposiciones y resoluciones (libros de elecciones capitulares y decretos de visitas). Aprueban el asiento de las misas celebradas y de los estipendios correspondientes y acompañan las profesiones solemnes de toma de hábitos (libros de registro de individuos y profesiones), quedando sus firmas como aval de este acto que es registrado por el secretario en el libro que documenta el paso por la institución de cada uno de los hermanos de la comunidad.
Las series que componen ésta sección son:

• Normativa
• Correspondencia
• Comunicaciones/circulares
• Actas

es la producción documental en la cual se reflejan los actos administrativos. Todos los movimientos económicos que se hicieran bajo su área de control deben ser registrados en los respectivos documentos contables, diferenciándolos según su procedencia institucional y dando inicio a los respectivos libros, como ser el asiento formal de ingresos y egresos, las compras de bienes básicos para la vida cotidiana, el registro inventarial de bienes materiales y de los ingresos económicos que generaba la aplicación de sacramentos, entre otros.
Esta subsección estás compuesta por las siguientes series documentales:

• Libros de fábrica
• Libros de ingresos
• Libros de gastos
• Comprobantes
• Inventarios
• Libros de misas
• Censos /Estadísticas
• Correspondencia
• Gestión de personal
• Notas

es la producción documental que refleja las actividades administrativas llevadas a cabo por la figura en cuestión, que sobrepasan la mera administración ordinaria implementada por el procurador ya que implican acciones de carácter legal y jurídico. Dichas acciones se ven plasmadas en documentación donde constan actos jurídicos, como ser la compraventa de bienes raíces o acuerdos entre partes.
La presente subsección está conformada por las siguientes series documentales:
-Operaciones de propiedades inmuebles

• Actas
• Contratos
• Comprobantes
• Correspondencia

este nivel está conformado por la documentación producida en la labor pedagógica de la Orden en relación a la promoción de nuevas vocaciones, primero en el ámbito del Colegio San Carlos y, luego de su creación a fines del siglo XIX, en el Colegio Seráfico como institución dependiente del Convento. Contiene: diferentes tipologías documentales que podrían clasificarse dentro del concepto amplio “Normativa” y que regulan y ordenan el funcionamiento de la institución y sus relaciones con los demás cargos orgánicos dentro del Convento; otras tipologías específicas vinculadas a los movimientos administrativos necesarias para la concreción de las actividades de formación del Colegio Seráfico -como ser los Libros de Fábrica, Libros de Administración y Libros de Gastos (entradas y salidas) y comprobantes varios de transacciones económicas-; y documentos directamente relacionados al diseño curricular y las modalidades de aprobación del mismo.
Series:
-Normativa
-Libros de Fábrica
-Libros de Administración
-Libros de Gastos (entradas y salidas)

• Comprobantes
• Planillas de clasificaciones
• Libreta de caja de ahorro

Se encuentra conformada por las siguientes series facticias: sermones/homilías, partituras musicales, apuntes históricos (redactados por religiosos que demostraron interés por el conocimiento histórico y que incluyeron en sus investigaciones información extraída de los documentos del archivo), referencias periodísticas e himnos.

las series se corresponden con las diferentes misiones dependientes del Colegio San Carlos en diversos períodos históricos, y contienen las siguientes sub series, aplicables a todas ellas: informes, correspondencia, economía y gestión, escuela, crónicas.
Contiene la documentación generada por los misioneros asignados en el cargo de superior de cada misión, a través de los cuales debían dejar constancia de todo lo que aconteciera en sus jurisdicciones, dando así origen a los diferentes libros y tipologías documentales varias que reflejan sus actividades evangélicas en la zona de destino. En ellos se detallan diversas cuestiones como ser la administración de los santos sacramentos del bautismo, el matrimonio, la celebración de las misas, la descripción detallada de poblaciones indígenas reducidas, terrenos, edificios, actividades agrícolas y ganaderas, etc.

Series, ordenadas por fecha de fundación de las misiones:

• Jesús Nazareno de Espín
• San Jerónimo del Rey/ del Sauce
• San Pedro
• San Javier
• Santa Rosa de Calchines
• San Antonio de Obligado
• San Martín Norte
• Nueva Pompeya
• San Francisco de Asís del Laishí
• San Francisco Solano de Tacaaglé